| 歴代 | 職名 | 氏名 | 在任期間 | |
|---|---|---|---|---|
| 学祖 | - | 新居日薩 | 明治5年8月 小教院創立 | 1872年 |
| 初代 | 学長 | 小林日董 | 明治37年4月1日~ 明治38年7月31日 | 1904年~1905年 |
| 学長事務取扱 | 本間海解 | 明治38年7月31日~ 明治39年5月 | 1905年~1906年 | |
| 2代 | 学長 | 小泉日慈 | 明治39年5月~ 明治43年5月31日 | 1906年~1910年 |
| 3代 | 学長 | 本間海解 | 大正7年6月1日 (追薦) | 1932年 |
| 4代 | 学長 | 脇田堯惇 | 明治43年5月31日~ 明治44年4月11日 | 1910年~1911年 |
| 学長事務取扱 | 風間隨学 | 明治44年4月11日~ 明治45年6月11日 | 1911年~1912年 | |
| 5代 | 学長 | 久保田日遙 | 明治45年6月1日~ 大正3年4月11日 | 1912年~1914年 |
| 学長事務取扱 | 風間隨学 | 大正3年4月16日~ 大正3年10月1日 | 1914年 | |
| 6代 | 学長 | 杉田日布 | 大正3年10月1日~ 大正5年3月31日 | 1914年~1916年 |
| 7代 | 学長 | 風間隨学 | 大正5年4月1日~ 昭和4年5月28日 | 1916年~1929年 |
| 8代 | 学長 | 清水龍山 | 昭和4年5月28日~ 昭和5年7月3日 | 1929年~1930年 |
| 学長事務取扱 | 望月日謙 | 昭和5年7月3日~ 昭和6年2月24日 | 1930年~1931年 | |
| 9代 | 学長 | 望月日謙 | 昭和6年2月24日~ 昭和7年9月5日 | 1931年~1932年 |
| 10代 | 学長 | 関本龍門 | 昭和7年9月5日~ 昭和10年9月4日 | 1932年~1935年 |
| 11代 | 学長 | 清水龍山 | 昭和10年9月4日~ 昭和16年3月25日 | 1935年~1941年 |
| 12代 | 学長 | 守屋貫教 | 昭和16年3月25日~ 昭和17年8月9日 | 1941年~1942年 |
| 学長事務代行 | 浅井要麟 | 昭和17年4月1日~ 昭和17年9月18日 | 1942年 | |
| 13代 | 学長 | 井村日咸 | 昭和17年9月19日~ 昭和19年10月21日 | 1942年~1944年 |
| 14代 | 学長 | 望月歓厚 | 昭和19年10月21日~昭和24年7月21日 | 1944年~1949年 |
| 学長事務取扱 | 飯沼龍遠 | 昭和24年7月21日~ 昭和24年8月13日 | 1949年 | |
| 15代 | 学長 | 飯沼龍遠 | 昭和24年8月13日~ 昭和27年5月30日 | 1949年~1952年 |
| 学長事務取扱 | 望月桓匡 | 昭和27年5月30日~ 昭和27年12月1日 | 1952年 | |
| 16代 | 学長 | 石橋湛山 | 昭和27年12月1日~ 昭和43年3月31日 | 1952年~1968年 |
| 17代 | 学長 | 坂本日深 | 昭和43年4月1日~昭和46年3月31日 | 1968年~1971年 |
| 18代 | 学長 | 菅谷正貫 | 昭和46年4月1日~ 昭和49年3月31日 | 1971年~1974年 |
| 19代 | 学長 | 菅谷正貫 | 昭和49年4月1日~ 昭和52年3月31日 | 1974年~1977年 |
| 20代 | 学長 | 菅谷正貫 | 昭和52年4月1日~ 昭和55年3月31日 | 1977年~1980年 |
| 21代 | 学長 | 菅谷正貫 | 昭和55年4月1日~ 昭和58年3月31日 | 1980年~1983年 |
| 22代 | 学長 | 中村瑞隆 | 昭和58年4月1日~ 昭和61年3月31日 | 1983年~1986年 |
| 23代 | 学長 | 渡邊寶陽 | 昭和61年4月1日~ 平成元年3月31日 | 1986年~1989年 |
| 24代 | 学長 | 大澤正男 | 平成元年4月1日~ 平成4年3月31日 | 1989年~1992年 |
| 25代 | 学長 | 渡邊寶陽 | 平成4年4月1日~ 平成7年3月31日 | 1992年~1995年 |
| 26代 | 学長 | 古西信夫 | 平成7年4月1日~ 平成10年3月31日 | 1995年~1998年 |
| 27代 | 学長 | 坂誥秀一 | 平成10年4月1日~ 平成13年3月31日 | 1998年~2001年 |
| 28代 | 学長 | 吉田榮夫 | 平成13年4月1日~ 平成16年3月31日 | 2001年~2004年 |
| 29代 | 学長 | 高村弘毅 | 平成16年4月1日~ 平成19年3月31日 | 2004年~2007年 |
| 30代 | 学長 | 高村弘毅 | 平成19年4月1日~ 平成22年3月31日 | 2007年~2010年 |
| 31代 | 学長 | 山崎和海 | 平成22年4月1日~ 平成25年3月31日 | 2010年~2013年 |
| 32代 | 学長 | 山崎和海 | 平成25年4月1日~ 平成28年3月31日 | 2013年~2016年 |
| 33代 | 学長 | 齊藤昇 | 平成28年4月1日~ 平成31年3月31日 | 2016年~2019年 |
| 34代 | 学長 | 吉川洋 | 平成31年4月1日~令和4年3月31日 | 2019年~2022年 |
| 35代 | 学長 | 寺尾英智 | 令和4年4月1日~令和7年3月31日 | 2022年~2025年 |
| 36代 | 学長 | 北村行伸 | 令和7年4月1日~ | 2025年~ |