大学院研究科・専攻ガイダンスでは、今後の研究計画書の作成の説明と、研究テーマに沿った科目の履修方法等の指導を通して、研究全般の方向性を指導する。

研究科委員会にて決定された指導教員が、個別に研究領域の授業科目と、履修モデルについて指導する。

院生が立案した今年度の研究計画を指導教員が確認し、必要があれば助言、修正等を行う。

院生は研究計画を指針として主体的に適宜研究を進める。指導教員は研究計画書を踏まえ研究指導計画書を作成し、院生と相互に確認する。

指導教員は提出された研究指導計画書を研究科委員会にて提出報告する。（D2以上は5月末まで、D1は9月末まで）

院生は指導教員の指導・助言のもと、博士論文のテーマについて検討し、絞込みを行っていく。文献読み込みは適宜継続される。

院生は研究計画に沿って、適宜結果等検討しつつ発展的に研究を遂行する。指導教員は研究の進行を確認し、随時指導を行う。

指導教員は実施されてきた指導に関する研究指導報告書を作成し、研究科委員会にて提出報告がなされる。

それまでの研究テーマに関する研究実績をもとに、博士論文としての適合性に関して、博士論文審査申請の必要条件や執筆可能期間等、
指導教員から助言・指導を受け、博士論文申請の適格性の有無が慎重に検討される。指導教員により適格性が確認された場合、その後専攻会議にて当該年度内の学位論文申請者の有ることが確認される。
この時点で博士論文審査申請における適格性を欠くと判断された場合、3年次時点での博士論文審査はなく、いわゆる単位取得満期退学(中退)か、在学延長(留年)し博士論文提出条件を満たすべく研究活動を継続し、以後について指導教員と相談し指導・助言を受けることもある。

博士論文学位審査申請の適格性が認められた後、院生は質・量共に高度な専門性を有する論文として体系的にまとめ上げる作業を、指導教員の指導・助言に基づき自身の研究として主体的に行う。指導教員はこの間、研究者として自立性を育成する観点も含め、指導・助言等を行う。10月までに審査対象の論文完成と提出。

指導教員は、当該の公聴会、審査や口頭試問の各々に対応して、公聴会や審査委員による口頭試問等で受けた指摘事項を論文記述に反映させるなど論文完成へ向けた指導・助言を行う。

院生は指導教員の指導のもと、審査等における修正事項等も慎重に確認の上、博士論文を製本として完成させ、要旨と共に指定の期日までに提出する。

提出された博士論文については、最終的にD○教員による合否判定が行われる。

D○教員による合否判定の結果が研究科科長により研究科委員会に報告される。ここでの承認を受けて、以下の流れとなる。