仏教学部教員を中心に大学内外の幅広い研究陣を擁する本研究所は、日蓮聖人および日蓮教団に関わる教義や歴史を総合的に研究しています。日蓮聖人研究の基本文献である『昭和定本日蓮聖人遺文』『日蓮聖人遺文辞典』の編纂をはじめその活動は学界で高い評価を得ています。所員による研究会の他、若手研究者養成のため、日蓮宗宗務院の助成を得て、宗費研究員・宗費研究生制度が設けられ、研究生研究会も行われています。その研究成果は機関誌『日蓮教学研究所紀要』に発表されています。また建学の精神の浸透を目的として広く学内外から講師を招き、公開講座として「仏教講座」を開催しています。